Высшим руководящим органом Союза московских архитекторов (СМА), согласно Уставу, является Конференция СМА (пункт 5.1). Конференция созывается Правлением Союза по мере необходимости, но не менее одного раза в год. Раз в четыре года проводится отчетно-выборная конференция, на которой избирается президент и вице-президенты Союза. 

Конференция решает любые вопросы деятельности Союза: утверждение Устава, избрание Правления, Президента и Президиума (пункт 5.7). Правление, избираемое из числа членов Союза раз в четыре года, осуществляет руководство деятельностью СМА между конференциями (пункт 5.10). Также на конференции избираются члены комиссий и коллегий: Контрольно-ревизионной комиссии, Комиссии по приему в члены СМА, Коллегии по профессиональной этике. Cогласно Уставу Союз московских архитекторов (СМА), может создавать комиссии, комитеты и советы в соответствии с направлениями своей деятельности (пункт 2.2.). 

В настоящий момент в СМА действуют Молодёжное объединение Союза московских архитекторов (МОСМА) и Комиссия по наградам за архитектурную деятельность.